Polskie Towarzystwo Hydrobiologiczne powstało w 1959 roku dla wspierania rozwoju i upowszechniania dorobku hydrobiologii i nauk pokrewnych. Prezesami Towarzystwa byli kolejno profesorowie: Marian Gieysztor, Przemysław Olszewski, Józef Stanisław Mikulski, Zdzisław Kajak, Stanisław Radwan, Andrzej Górniak, Marcin Pliński, a obecnie dr hab. Iwona Jasser.
Towarzystwo ma 12 oddziałów: w Białymstoku, Gdyni , Krakowie, Lublinie, Łodzi, Olsztynie, Poznaniu, Szczecinie, Toruniu, Warszawie, Wrocławiu i Koszalinie. Liczba członków Towarzystwa nie przekracza 500.

Polskie Towarzystwo Hydrobiologiczne jest zbiorowym członkiem International Society of Limnology.
Głównymi kierunkami działalności Towarzystwa są:
    * Inspirowanie i wspieranie badań w zakresie biologii i ekologii wodnych organizmów, zespołów i biocenoz oraz analizy funkcjonowania i ochrony ekosystemów wodnych i podmokłych.
    * Propagowanie osiągnięć polskiej i światowej hydrobiologii na organizowanych co trzy lata zjazdach hydrobiologów polskich, na polskich i międzynarodowych konferencjach, sympozjach i warsztatach oraz w sesjach terenowych oddziałów Towarzystwa.
    * Nagradzanie wyróżniających się prac magisterskich.
    * Organizowanie ekspedycji naukowych.
    * Szkolenie młodych pracowników naukowych i osób profesjonalnie zajmujących się ochroną środowiska wodnego.
    * Uczestniczenie w pracach zespołów doradczych i opiniotwórczych związanych z gospodarką wodną i ochroną środowiska o zasięgu krajowym i regionalnym.
    * Prace w specjalistycznych sekcjach (bentologiczna, wrotkowa).
    * Działalność wydawnicza: Towarzystwo jest współwydawcą serii Fauna Słodkowodna Polski obejmującej monografie i klucze poszczególnych grup fauny. Od powstania serii w 1935 roku ukazało się drukiem 31 tomów.
    * Towarzystwo wydaje Wiadomości Hydrobiologiczne.
    * Sekcje Towarzystwa wydają nieregularne pisma “Dno” (Sekcja Bentologiczna).